长蕊甜菜树幼苗茎干木质化程度低，嫩茎、嫩叶具甜味，易受鼠类、蚁类危害苗干和根系。

在苗圃地中常发生鼠类咬食幼苗和蚁类危害根系现象。应在苗圃地周边及附近设置气味浓烈的防鼠害、蚁类害虫的药物。如呋喃丹、灭蚁蟑、灭蚁特效诱杀粉，每20平方米用药0.5g左右。雨季时可用50%甲基托布津或多菌灵可湿性粉剂800倍液，每7~10天喷施一次，共喷3次，可有效预防甜菜树幼苗各种霉病的发生。