甜菜树幼苗主根半肉质状，粗壮发达、侧根稀少，幼苗生长期水分过多根系易腐烂，过少则干旱死苗，造成缺苗。因此，幼苗期加强水肥管理很关键。浇水以“少量多次、潮而不湿”为原则，因育苗季节气温高，土壤蒸发量大，易干旱，应根据育苗地海拔气温条件适时检查，当营养袋内土壤深度5cm左右处尚潮湿，则不宜浇水，反之，应及时浇水。栽培试验证明，甜菜树根系生长对化学性肥料非常敏感，因此，幼苗期要避免施用化学肥料。当幼苗生长一年后，苗木达到一定木质化程度时可适量施用清粪水或腐熟的农家肥，以施用林下腐殖质土为最佳。